一九四五年九月九日，南京，日本受降仪式马上开始。火车站，留学归来的侦探程慈航(乔振宇 饰)，脑海中闪现一幕，女朋友小玉被日本鬼子追杀，手中有日本511部队秘密研究的生化武器，交代程慈航一定要安全带出去，让全世界知道日本人的恶性。

程慈航带着资料离开，小玉被杀害，程慈航知道中田(任大为 饰)在南京，发誓一定要找到中田为小玉报仇。一会就是受降仪式，警察厅厅长莫采石(巫刚 饰)却去了火车站，留霍然(屈刚 饰)总长在那监督值班。程慈航看见提着箱子的小野追去，莫采石也下令一定要抓到小野。

就在程慈航要制伏小野时，警员欧阳倩(安以轩 饰)和关天平(司源 饰)赶来，小野趁机逃跑，莫采石拿到箱子。程慈航看见欧阳倩第一眼愣住了，跟小玉实在是太像了。欧阳倩认为程慈航是日本人，要将其抓走，程慈航解释自己是莫采石的亲戚，大家听了只是笑。

莫采石将那个箱子放到了中央博物院的青铜馆，命名为五九档案。程慈航被带到郊区，想办法逃跑了，可欧阳倩又找到了程慈航，将其带回警察局。霍然指责莫采石留自己这个警察署的总长去值班，怀疑火车站的火拼跟莫采石有关系，而莫采石临阵脱岗，总长必须向上头汇报，莫采石解释他是接到总裁侍从室的命令，夺回日军研究生化武器的资料。

中田知道程慈航手里还有一份研究生化武器的资料，命令小野务必找到程慈航。飞贼许老二和徒弟在警察局内贼刘阿常(马仑 饰)的帮助下盗走了五九档案。刑侦处处长严达庆(王品一 饰)接到中央博物院失窃的案子，安排正在审讯程慈航的欧阳倩出警。

霍然下令将程慈航请回南京，参与五九档案的侦察。