狄仁杰(任嘉伦 饰)前往大理寺查验小公主的尸体，他发现小公主脖子上的掐痕还在，颜色还更深了。怀疑小公主被掐死只是假象，是凶手用来陷害武媚娘。阎立本(李进荣 饰)向狄仁杰说起若不是他在朝堂上据理力争，武媚娘恐怕要被处置了。因为长孙大人和褚遂良咄咄逼人，李义府之前一直站在武媚娘这边，今天竟然临阵倒戈说是武媚娘神经错乱，失手杀死小公主的。

蒋昊辰(陈奕 饰)如此配合，冒着被削职的危险给狄仁杰他们行方便查验小公主的尸体。虽说如此，但狄仁杰还是对蒋昊辰心存疑虑。阎立本认为狄仁杰当务之急是找到杀害小公主的凶手，因为朝中只有一个许敬宗跟他站在一起，他担心再这样下去后果不堪设想。

皇上与萧淑妃(刘海蓝 饰)下棋，王福(黄飞 饰)禀报武媚娘求见。萧淑妃认为小公主的案子还没有定论，皇上应该避嫌，这样也是为了武媚娘，免得武媚娘落人口实。皇上便命王福回绝了武媚娘，武媚娘听见萧淑妃的笑声传来，心中便全部明白，失落地离开了。

王大人拿来银子欲收买许敬宗，许敬宗却一口回绝了王大人。许敬宗知道皇上忘不了武媚娘，如此武媚娘会重新受宠，那时王皇后(傅颖 饰)失势便是必然。武媚娘去中书省找李义府，却吃了闭门羹。武媚娘失落回到风琴殿，此时狄仁杰恰好来到风琴殿，他解释并非查武媚娘，而是怀疑小公主并非是死于被人掐死。

风琴殿是小公主死的地方，所以狄仁杰希望能在这寝殿找出更多有用的线索。武媚娘本以为狄仁杰也会同其他人一样落井下石，因为皇上不见武媚娘，而李义府曾经答应帮武媚娘，武媚娘去找李义府却吃了闭门羹。红巾安慰武媚娘，他们是一起患过难的，所以不会像那些趋炎附势之人一样。

狄仁杰来到风琴殿的内殿勘察，知道小公主不是被碳炉烧出来的浓烟给闷死，只是不明白小公主是如何窒息而亡的。武媚娘问会不会是弃妃徐婕妤在作怪，因为她自从搬进风琴殿，每日便被鬼魂缠身，一刻不得安宁，小公主会不会受此牵连。

狄仁杰决定今晚与红巾、墨雨(缪俊杰 饰)就住在风琴殿。红巾和墨雨在风琴殿里待得很闷，便到外面去透气，而红巾还发现风琴殿的宫女都很奇怪，怀疑这个风琴殿是真的有鬼魂。狄仁杰待在风琴殿，他也出现了精神恍惚的症状，还看见了吊死在椽木上的徐婕妤，最终晕倒了。

墨雨同醒来的狄仁杰说起狄仁杰的症状就跟鬼缠身没有两样，狄仁杰知道这件事没那么简单，风琴殿一定另有隐情，怀疑风琴殿被人下了毒。蒋昊辰向潜龙王汇报朝中大臣纷纷倒向了王皇后，再加上刚正不阿的赵宝(耿一正 饰)替王皇后作证，王皇后的气焰更加嚣张。

潜龙王表示一个人爬得越高便会跌得越惨，到时不但太子被废，整个王宫贵族也都会跟着倒台。那样的话，就没人能阻止他了。朝中人人都知道是王皇后杀死的小公主，却没有人愿意帮武媚娘。潜龙王知道大家都是欺善怕恶，虽说武媚娘怪可怜的，但有狄仁杰一人帮武媚娘也足够了。

潜龙王决定等他得天下时，一定要让狄仁杰这样的治世良才来辅佐他。蒋昊辰听了心中很不满。狄仁杰去大理寺查关于风琴殿的毒源，蒋昊辰特地安排慕容清(阚清子 饰)前来帮狄仁杰。慕容清解释她不过是阶下之囚，只能听蒋昊辰的，而武媚娘是无辜的，她不会害武媚娘。

狄仁杰怀疑风琴殿内有可以让人产生幻觉的毒药，只是不知道害武媚娘的人是如何下手的。慕容清曾经去过风琴殿，风琴殿阴暗潮湿，而世间很多奇毒都是因环境而滋生。武媚娘成天抱着一个小枕头说那是她的小公主，狄仁杰直接扔掉那个小枕头，劝武媚娘得振作起来。

狄仁杰已经找到了风琴殿的秘密，他摘下了徐婕妤的那幅画，那面墙上长满了草菇，而草菇产生的毒菌是可以让人产生幻觉的。