龙飞(周杰 饰)探望中枪在医院的肖克(董勇 饰)，叶蕾这时进来，用枪对准龙飞。龙飞反以叶蕾作人质才得以逃出。龙飞来到南云(苏瑾 饰)墓前，梅香(海清 饰)出现，她告诉龙飞南云是她的姐姐，这时公安来搜捕龙飞，龙飞将南云和梅香的照片放在墓前。肖克来到化验室，从化验的结果看，肖克吃惊发现庄美美眼里的微缩胶卷是被南云取走的。

肖克一行人追到梅山镇，探寻特务的行踪。但不幸被特务们发现，叶蕾被特务抓走，龙飞被我公安抓住。梅香在小河边向龙飞讲起了白家三姐妹的事，南云是她的姐姐，叫白薇，她叫白蔷，她还有一个小妹妹叫白蕾。讲起她们小时候的事还有白家老宅以及他们身上的梅花，虽然是同父异母的姐姐却没见过几次面。

三号命令的二级行动是细菌战－－鼠疫。黄飞虎对这种下九流的行动计划嗤之以鼻，拒不执行。他和龙飞被关。肖克的调查在进行，他们发现南云的真相，原来她不仅没有死，而且也是个特务。