秦敖(刘小锋 饰)放走了雅德利(山鹰 饰)，破坏了黑龙会把SQ4传播到重庆各处的计划。郭仲衡(涂中如 饰)逃到黑龙会，向头目表达自己对秦敖的疑惑。而此时的秦敖正要摧毁日军的军火库，那里保存着大量SQ4制造的病毒弹。陆涯(董勇 饰)和扈渝雯(汪芫 饰)及时赶到，协助秦敖击败了黑龙会和郭仲衡，摧毁了SQ4病毒弹。

但是郭仲衡并没有死，他杀死了留下的秦敖，并企图用感染病毒的自己将SQ4传播到重庆市区。陆涯发现了这一切，紧急寻找郭仲衡，希望能阻止他的疯狂行为。通过蛛丝马迹，陆涯在自来水厂找到郭仲衡，郭仲衡企图污染水源，关键时刻郭仲衡病毒发作，为了整个城市的安全，陆涯和郭仲衡一起投进了火海。

1945年，日本宣布无条件投降，黑室作为一个抗日的秘密机构，永远成为了历史。