《细菌战》马云飞(于震 饰)正在酒吧放浪形骸，正巧高寒(王丽坤 饰)亲自下厨打电话让他回去，马云飞何坚(淳于珊珊 饰)只好离开酒吧。回家路上，两人被哨卡拦截。询问才得知，重庆周边县城--万县，正成为日军细菌武器的投放区，万县成为瘟疫疫区，万县百姓沦落成为疫区灾民。

为了防止疫情蔓延，国军只好沿途设哨卡，阻碍灾民进入重庆。两人目睹了灾民的惨状，感触颇深。回到住所，高寒在马云飞身上发现一根长发，正欲兴师问罪，这时老于拜访五特，希望五特能帮助军统抓捕一名叫桥本三多的日军细菌专家。

此人正是万县疫情的始作俑者！但是马云飞对此事毫无兴趣，打发老于离开。老于向戴笠(王新民 饰)汇报，戴笠却成竹在胸，认为五特一定会接下任务。不出戴笠所料，欧阳的一通电话说服了马云飞，五特决定接受任务--秘密抓捕桥本三多。

桥本正在对马路大进行人体实验，由于马路大反抗，失手将实验病毒注入桥本的助手石川的体内，桥本不但不予救治，还将石川也当成了实验新病毒的马路大。桥本对新病毒的狂热让周围的人不寒而栗。天皇特使中村(宋允皓 饰)来给桥本颁发勋章和晋升令，桥本却并不感激，反而埋怨司令部不给他足够的经费和马路大。

正巧试验基地没有足够的马路大，桥本不顾司令部的反对，让基地长官渡边上街抓人补充马路大，中村心里不满却也不好发作。五特来到夏家梁，略施小计混过日伪的哨卡，却正赶上渡边圈街抓人，高寒为了解救一名女孩(二丫)不幸被日军包围。

渡边在人群中挑选合格的马路大，李智博(施京明 饰)、高寒、二丫都被选中，眼看几人要被带走，马云飞何坚赶到与日军交火，趁乱救出高寒和李智博。