虽然采取了各种措施，死亡人数仍不断攀升，伍连德(温兆伦 饰)非常苦恼。调查发现，俄国教堂内有很多传染鼠疫的教民，从来没有看到他们如何处理尸体。此事引起了伍连德的警觉。过度劳累使伍连德咳嗽起来，大家劝他检查并休息，他不以为然，仍然坚持工作。

助手林家伟强行为他检查，结果，伍连德被传染上了鼠疫。伍连德被传染鼠疫的消息传遍哈尔滨，民众对控制鼠疫的传播产生了怀疑，姚仲亭派手下人混入百姓中到防疫总站闹事，制造事端。此时，俄文报纸发布普里诺夫研制出鼠疫疫苗的消息。

日本人担心俄国人在防疫上抢控局势，派人砸毁了俄国医院的实验室。尤里金怒不可遏，派兵包围了日本领事馆。