哪吒被玉鼎道人送到昆仑仙院门口，正巧遇上了小龙女(吴佳怡 饰)等其他弟子。昆仑仙院里表面风光如画，实际藏龙卧虎、暗流涌动。在师兄杨戬(高梓淇 饰)的带领下，众人平安走过结界。第一天，众人便见到了师尊太乙真人(狄龙 饰)，教导变形、飞天之术的天儿师傅，教导五行、仙术咒语的玄明大师，教导封印术、阵法的炎姬师傅。

在教授仙术之前，太乙真人夸奖哪吒是万分之一拥有仙人之骨的凡人。希望众人要相互支持、互相学习。这话一出有的小孩嫉妒，有的小孩羡慕。丑宰相(方家翊 饰)将自己在昆仑仙院看到的情况汇报给玉纤(高洋 饰)，昆仑仙院的结界必须要有七彩宝珠才能破除，可是七彩宝珠在杨戬的手中，希望只能寄托在潜伏在昆仑仙院学艺的嘟咕二蛙身上了。

玉纤决定在天妖星蔽日之时，延长蔽日时间，妖族的法术就会大增，嘟咕二蛙或许能偷出宝珠。学习飞天之时，众人均有法宝，学起来得心应手，唯独哪吒两手空空，即便借用天儿师傅的法宝也不能胜任。学习布阵的时候，哪吒也表现的资质平庸，在被人耻笑之后更是决定放弃。

这一切都被太乙真人看在眼里，几位师傅不明他为何在意哪吒，原来哪吒是他的爱徒灵珠子转世而来。深夜，嘟咕二蛙偷偷的潜入云仙洞，谁知一不小心触碰到机关。在学习五行时，玄明大师教导咒语，哪吒练习变火，烧得大师灰头土脸，七窍生烟。

大师一怒之下处罚他到门口思过。太乙真人告诉众人自己发现有人私自闯入禁地云仙洞，希望众弟子主动承认错误，否则被抓就要除去法术，逐出仙院。嘟咕二蛙听到后面面相觑。休息时间小龙女邀请哪吒一起学习心术，哪吒认为自己上课都学不好，课后更没兴趣学。

小龙女决定用金水令牌来帮助他，于是召唤出水精灵来帮忙。第二天哪吒没去上课，小龙女从摩昂(代超 饰)哪儿得知他逃课后到处寻找，哪吒拿出自己最喜欢的糖水棒分享，两人相约到云仙洞玩耍。谁知道遇上了天儿师傅，两人惊慌逃走却不小心受伤，为了不让对方受罚两人都抢着承担责任。

天儿师傅看到两人的诚意答应保守秘密。这时太乙真人走了过来，哪吒把力不从心学习心术的时候告知，太乙真人认为哪吒是凡人拥有仙骨很有缘，然后举例水滴石穿，希望他能持之以恒。哪吒看到被水滴穿的石头立即懂了。历经数年冬夏，摩昂、小龙女、哪吒等人都长大成人了，嘟咕二蛙却因为是青蛙依然像小孩一般大小。

晴空如洗突然黑云压顶，太乙真人猜测昆仑仙院将会有劫数，几位师傅也担心众人的身份，杨戬猜测哪吒是内奸。太乙真人认为事情还未查明前先增加结界的法力，以防妖族大帝(吴廷烨 饰)逃走。被冰封的妖族大帝看到蔽日之时即将到来，对于自己恢复自由之身有了希望。

太乙真人见他毫无悔改之意再次劝诫。嘟咕二蛙依然贼心不死，到处寻找机会偷取七彩宝珠。一天他们发现了小龙女使用金水令牌召唤水精灵，于是心生一计，偷取金水令牌为自己所用。另一边玉纤也玩弄妖族暗黑使者的感情为自己营救父王而计划，翘首以待蔽日之时。

蔽日之时玉纤使出浑身解数，延长蔽日的时长。昆仑仙院里众人躲在屋里，嘟咕二蛙中的银宝偷走了金水令牌。小龙女发现后赶紧追了出去，哪吒和摩昂看到后也帮助她追逐。三人追到云仙洞正好遇到守卫，嘟咕二蛙中的金宝服用了丹药后变成了炎姬师傅，她故意受伤让杨戬帮忙疗伤。

趁杨戬大意时偷走七彩宝珠。妖都大帝因为银宝装死躲过了守卫，带着金水令牌打开了封印。一出封印的他就痛下杀手要杀玉仙轮，幸好哪吒眼疾手快做了肉垫，正因如此玉仙轮进入哪吒体体内。妖族大帝气急败坏，要杀哪吒泄愤。

危急关头哪吒誓死保护玉仙轮，玉仙轮被他收服。