沈超(张潮 饰)带人包围小屋，发现里面一个被害而且面目全非的尸体。从桌子上留的一封信看，应该是计雨棠(韩童生 饰)。他们从现场带回了唯一的证物一双绣花鞋。这双绣花鞋经过鉴定就是放在林南轩(钱勇夫 饰)棺材里的那双，叶大龙(连奕名 饰)为此更坚定了自己的信心，决定把这件事一查到底。

因为他参沈超的怀疑，使得他们俩更难以配合。计雨棠的忽然死亡，让林南轩和沈超商量决定继续查清那筒化学武器的事情。林莹(孙俪 饰)失去了修建成渝铁路的机会，到小学校里做了老师。局里开始秘捕潜伏特务，争取找出有利线索。

叶大龙成熟了，也带出了彭佩芝这样的好徒弟，可是彭佩芝却在一天对叶大龙说出"我喜欢你"。叶大龙却喜欢上了林莹。