狄仁杰(任嘉伦 饰)和墨雨(缪俊杰 饰)吃不惯宫中的食物，红巾便亲自给他们煮了水饺。墨雨感慨红巾变得贤惠了，红巾提起之前都是蓝凌做菜之事，而蓝凌能为心爱之人死，还是死在心爱之人的怀里，应该没有遗憾了。红巾问墨雨是否有遗憾，墨雨一直在单相思蓝凌，他认为暗恋本身就是最美好的遗憾，而他和红巾两人是暗恋的同道之人，调侃道他们两人在一起就没有遗憾了。

红巾因顾着说话忘记了正在煮的水饺，导致水饺都煮烂了，变成糊糊的。狄仁杰看着这样的水饺，突然明白药丸的道理跟饺子一样，用水把药服下去，三个时辰也正好溶解。狄仁杰猜测是药丸里藏着火药，而火药在胃里呈现出来，就如同饺子煮的时间长了，皮自然破了，里面的馅就出来了。

狄仁杰知道一些道士在炼丹药时有用上一些矿石，狄仁杰决定去药铺找找哪里有如此威力大的矿石。狄仁杰去药铺时，正好遇见蒋昊辰(陈奕 饰)。蒋昊辰也是发现了药丸的线索，便与狄仁杰一起去药铺找了好几种矿石回来，并将这些矿石放进水中研究，结果却没有一种矿石遇水会爆炸。

蒋昊辰说起天机堂有位叫方昭的术士，研究火药数十载。狄仁杰想见这个方昭，蒋昊辰便让狄仁杰明日来大理寺找他，他带狄仁杰去见方昭，说完便同大家告辞。墨雨和红巾不明白狄仁杰之前怀疑蒋昊辰与潜龙王有关，为何还相信蒋昊辰。

狄仁杰对蒋昊辰也只是怀疑，还不确定。如今蒋昊辰也查出了药丸的线索，蒋昊辰也去药铺找矿石，想必蒋昊辰对爆炸案十分上心，在小公主一案中，蒋昊辰也替他们行方便，狄仁杰想也许他们真的是误会蒋昊辰了。第二天，狄仁杰来到大理寺，蒋昊辰带狄仁杰见方昭。

狄仁杰问方昭是否有遇水爆炸，威力巨大的火药。方昭也听说了宫中自爆之事，他因此查看了一些资料，只查到前朝时有一位道士发明了一种威力极强的黑火药，只是这个黑火药需要用火来点燃，他不明白如果药丸里真的有火药，那进入胃中又如何点燃的。

狄仁杰怀疑药丸里藏着另一种东西，但方昭指出不可能。从大理寺出来，张公公等在一旁，说是武媚娘有事找狄仁杰。蒋昊辰担心是与案情有关，便让狄仁杰去见武媚娘，火药的事就交给大理寺。待狄仁杰走后，蒋昊辰很是得意。

褚遂良上表请奏皇上由太子忠代政，长孙大人辅政。狄仁杰怀疑是有人走漏了风声，长孙大人他们知道皇上不在延嘉殿。长孙大人在宫中的耳目众多，任何宫女和太监都有可能，这也是武媚娘为何让刘喜(秦俊杰 饰)做内侍监的原因。武媚娘认为现在唯一的办法就是把上表交给皇上，除非狄仁杰能在两日之内抓到凶手，否则借机挟天子以令诸侯的就是长孙大人。

皇上一直对狄仁杰深信不疑，武媚娘让狄仁杰随她去一趟芙蓉园。武媚娘来到芙蓉园，皇上见到武媚娘十分兴奋，他这几日待在芙蓉园一切都好，唯有想念武媚娘。武媚娘向皇上说起褚遂良的上表，他们现在是借机逼宫夺权，还说就算皇上不能亲理朝政，摄政之人也该是太子，武媚娘让皇上尽早下决断。

皇上犹豫不决，武媚娘表示潜龙王不止扰乱大唐的社稷，而皇上身体健康，褚遂良却要让太子代政，这明显就是有谋逆之心，本应处死，但念及褚遂良是三朝老臣，武媚娘建议把褚遂良贬去潭州。皇上便让武媚娘代他拟诏，将褚遂良流放潭州。

武媚娘安排刘喜去宣圣旨，待刘喜回来后，武媚娘称刘喜立了大功，她要好好地赏赐刘喜。原来是武媚娘安排刘喜故意向褚遂良透露皇上离宫的消息，褚遂良这才忍不住上了一表。小公主被杀一案，没有人愿意帮武媚娘，只有许敬宗从中帮忙，如今褚遂良被贬潭州，武媚娘宣布就由许敬宗接替褚遂良的职位。

此时武媚娘收到赵宝(耿一正 饰)送来的一封信，看了信的她很是紧张。褚遂良被贬去潭州，狄仁杰因自己只是武媚娘的一颗棋子而难受。褚遂良被贬，朝中动荡，潜龙王指出现在是最好的时机，况且武媚娘也逐渐建立起她自己的势力，潜龙王若再等下去怕会多了一个敌人。

蒋昊辰一直以为武媚娘是个软弱的女子，没想到大臣们居然会对武媚娘趋之若鹜，个个巴结奉迎，他建议除掉武媚娘。潜龙王没有答应，因为武媚娘和狄仁杰一样还有利用价值，如今朝中能制约长孙无忌(郑晓宁 饰)的只有武媚娘。崔义泫明日便到长安进宫述职，军中个个要职都是潜龙王的人，到时蒋昊辰和崔义泫再里应外合，助潜龙王完成大统，待潜龙王坐拥江山之时，除掉武媚娘就如同杀死一只蚂蚁搬的简单。

潜龙王料想狄仁杰在三个时辰里不会有什么结果的。武媚娘找到狄仁杰，原来赵宝送来的那封信是说皇上也收到了潜龙王的信，潜龙王要求皇上在三个时辰后传位于他，否则皇上将尸骨无存。而皇上在清晨感染了风寒，吃了从宫中拿来的祛风丹，他现在因担心自己也会自爆而亡害怕不已。